故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。
另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。
砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士…
故事发生在类似欧洲中世纪的世界，国与国之间互相争战，烽火连年，各国都豢养庞大军备，佣兵也成为时兴的行业，一般平民的生活则十分穷苦。在这战火连连的世界中，不单只有人类的战争，同时还有被称为“使徒”的怪物。
本故事的主角格斯，其挚友格里菲斯把灵魂出卖给恶魔而变成了“使徒”之主——神之手，更是非人地把往日的战友佣兵团“鹰之团”作为祭品而给“使徒”虐杀。在这场虐杀中幸存下来的格斯，为了向格里菲斯复仇，化身成“黑色剑士”——一位受到诅咒，一直得抵抗着“使徒”追杀的烙印剑士
剑风的世界中弥漫着阴郁、肃杀、血腥与绝望，但三浦笔下的格斯总是充满斗争与反抗精神，从幼时起的各种磨难，无不促成当前的格斯。
不论身处何种境地，握住斩龙向命运挥砍，无路可退就只有向前冲杀，面对绝望与痛苦，剑风的世界里从来没有退缩二字。
故事描述一个有关“第二次冲击”的记事。 公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近（政府宣称），高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。
人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此，当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。
不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。
而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上。
EVA给人的感觉因人而异，可能是致郁、扭曲，也可能是真实、平白，不论如何，因为 EVA 表达要借由的东西有些复杂而略微难懂（EVA 化用了很多宗教、哲学的意象讲自己的故事！），所以回忆起来会稍感空洞、干涩。
心之壁、人类补完这些看起来复杂的词，仔细想想，作者可能就是是想教会那时候的年轻一代们学会悦纳真实、悦纳自己、在繁复隔绝的集体中寻找自我回归真实，走向新生。
EVA吸引人的绝不只是血腥激烈的机甲互博、血肉横飞，尽管世界观是宏大的零散的，需要自己拼凑重建，但这些复杂的事情最终都聚焦到人性、孤独、爱与痛苦的哲学的探讨上，其中传达出的真实能让人感到极端的露骨更甚者释然，不论你如何感觉，事实就是这样，这就是某种程度的自我补完。"